A história da Igreja Presbiteriana inicia-se com o movimento da Reforma do de 1517 encabeçada pelo monge agostiniano Martinho Lutero. Na França, a reforma religiosa foi liderada por João Calvino. Perseguido, Calvino se estabeleceu em Genebra, de onde o calvinismo se estendeu por toda a Europa. A Igreja Renovada da Escócia foi organizada pelo sacerdote John Knox. Mais tarde, ela seria chamada de Igreja Presbiteriana, pelo papel desempenhado pelos mais velhos (presbíteros, em grego).
A história da Igreja Presbiteriana no Brasil teve início com a vinda do missionário norte-americano Ashbel Green Simonton, em agosto de 1859. Em apenas oito anos, ele lançou solidamente as bases da Igreja Presbiteriana do Brasil. Na cidade do Rio de Janeiro, Simonton fundou uma igreja, uma escola dominical, um jornal, um pesbitério e um seminário. Em 1867, ele morreu vítima de febre amarela.
A primeira Igreja Presbiteriana de São Paulo foi fundada no dia 5 de março de 1865, pelo missionário norte-americano Alexander S. Blackford, na Rua Nova de São José, 1, atual Líbero Badaró. A Igreja Presbiteriana Unida de São Paulo resultou da fusão entre a Segunda Igreja Presbiteriana de São Paulo com a Igreja Filadélfia, em 26 de agosto de 1900.
Em 16 de setembro de 1984, a Igreja Presbiteriana Unida de São Paulo estabeleceu em Alphaville uma congregação, liderada pelo então Presbítero Carlos Alberto Brito Braz. Na época, não havia nenhum trabalho desenvolvido por igrejas evangélicas naquele bairro.
Iniciaram-se reuniões em residências do bairro até que houve a necessidade de realizar os cultos num local maior. Após autorização, foi realizado o primeiro culto de instalação dos trabalhos da Congregação de Alphaville, no Instituto Presbiteriano Mackenzie Tamboré, no dia 20 de Julho de 1985.
Os cultos permaneceram neste local até serem transferidos para o endereço atual, no dia 20 de dezembro de 1987. As celebrações eram realizadas em um pequeno edifício, que atualmente é o salão social da igreja. Em 1991, o templo atual, ainda que inacabado, passou a ser utilizado.
Em 22 de setembro de 1991, a congregação foi organizada como Igreja Presbiteriana e foi instalado como pastor evangelista o Rev. Carlos Alberto Brito Braz, que concluíra seu curso de teologia e fora ordenado pastor em janeiro de 1989. Em 2000 foi outorgado à igreja o direito real de uso do terreno anexo à igreja (atual quadra / estacionamento) e em 2002 foi ampliado em mais dois pavimentos o edifício de classes para a Escola Dominical.
Em 2005, o Rev. Carlos Alberto Brito Braz tornou-se pastor Emérito e o Rev. Hilder Campagnuci Stutz assumiu como Pastor titular da IPAlpha. Neste ano de 2008, o templo foi ampliado para poder acolher 500 pessoas.
